Virtavesikunnostuksilla voidaan palauttaa jokien elinympäristöjä takaisin kohti luonnontilaa. Menetettyjen elinympäristöjen tilalle on mahdollista rakentaa korvaavia habitaatteja. Perusteellisin toimenpide on padon purku.
Virtavesikunnostukset
Virtaveden kunnostuksen tarkoituksena on palauttaa jokeen sellaiset virtausolot ja pohjakoostumus, joita virtavesieliöt suosivat.
Virtausoloja uomassa voidaan monipuolistaa tuomalla uomaan kiviä, puunrunkoja tai näistä laadittuja rakennelmia, jotka ohjaavat virtausta. Virtausolojen monipuolistaminen on tarpeen silloin, jos uomaa on suoristettu tai perattu. Kivi- ja puukunnostuksella saadaan uomaan myös hitaasti virtaavia kohtia, jotka ovat virtavesieliöiden suoja- ja levähdyspaikkoja. Oikein aseteteltuna materiaali toimii myös virtausta ohjaavana suisteena niin, että jokiprosessit (kuten jokimutkien muodostuminen) voivat käynnistyä uudelleen.
Soraistus tarkoittaa puhtaan, riittävän karkean soran tuomista uomaan. Soraistusta tarvitaan silloin, kun pohja on tiivistynyt hidastuneen virtauksen ja tulvarytmin häiriintymisen vuoksi. Pohjahuokoset täyttävä hienojakoinen kiintoaines heikentää tällöin esimerkiksi taimenen kutua ja pohjaeläinten elämää.
Kutusoraikkojen luominen tai kunnostaminen voi vahvistaa kalojen lisääntymistä jos muut olosuhteet ovat kunnossa. Virtavesikunnostuksien tehoa vaelluskalakantojen palauttajana voivat heikentää muun muassa kiintoainesvalumat ja kalastusrajoituksien puute.
Korvaavien elinympäristöjen rakentaminen
Kun kalankulku järjestetään rakentamalla luononmukainen kalatie, se toimii usein myös korvaavana elinympäristönä. Luonnonmukainen kalatie kannattaa vesittää ympärisvuotisesti.
Korvaavia elinympäristöjä voidaan rakentaa myös niiden itsensä vuoksi. Vesivoimarakentamisen muuttaman jokiuoman rinnalle voidaan rakentaa toinen uoma, jonka tavoitteena on tarjota mahdollisimman paljon elinympäristöjä virtavesieliöille. Kompensoivien habitaattien tarvetta voidaan arvioida esimerkiksi siltä pohjalta, kuinka monta hehtaaria alkuperäisiä habitaatteja tuhoutui kun vesivoimala rakennettiin. Kompensaatiouoma voi olla osa luonnonmukaista kalatietä ja se voi yhdistyä esimerkiksi luonnonpuroihin.
Padon purku
Perusteelllisin tapa palauttaa elinympäristöjä on padon purku, jolloin estevaikutus häviää ja luonnontilaistuminen käynnistyy tehokkaasti ja pysyvästi. Padon purku on järkevää varsinkin, jos kyseessä on selvästi käytöstä poistunut rakenne kuten vanha myllypato.
Myös vaatimattoman määrän energiaa tuottava pienvesivoima, jonka pato tuottaa merkittävän luontohaitan, voi olla järkevää purkaa. Erityisesti vanhaa tekniikkaa käyttävä, turvallisuussyistä remonttia kaipaava tai velvoitteitaan noudattamattoman pienvoimala voi olla tällainen kohde.