Uhanalaiset luontotyypit
Suomen luontotyyppien uhanalaisuusarviossa (SYKE 2008) virtavesiluonto todettiin laajalti uhanalaistuneeksi. Suurjokien (Vuoksi, Kymi, Kokemäki, Oulu, Ii, Kemi) ja muiden suurien jokien luontotyyppien uhanalaistumisen keskeinen syy on vesirakentaminen, siis vesivoimalat.
Uhanlaiset lajit
Myös vaelluskalat ovat uhanalaistuneet ja päätyneet Punaiseen kirjaan (SYKE 2010). Järvilohi ja merivaelteinen taimen ovat äärimmäisen uhanalaisia. Erittäin uhanalaisia ovat ankerias, vaellussiika ja taimenen eteläiset sisävesikannat. Lohi on vaarentunut, ja toutain sekä muut taimenkannat ovat silmälläpidettäviä.
Myös lukuisat muut virtavesien lajit kuten raakku eli jokihelmisimpukka ovat uhanlaisia.
Viimeiset meritaimen- ja lohijoet
Geneettisesti alkuperäinen meritaimenkanta on jäljellä enää 12 Itämereen laskevassa joessamme, kun niitä alun perin oli noin 60. Omavarainen lohikanta on enää kahdessa Itämereen laskevassa joessamme. Sisämaan joet ovat oma lukunsa.
Vaelluskalojen ja muun uhatun virtavesiluonnon suojelemiseksi näiden jokiluonnon vaalimiseen on kiinnitettävä erityistä huomiota. Esteettömän meriyhteyden lisäksi tulee huolehtia siitä, valumat maa- ja metsätalousalueilta, jokirantojen maankäytön muutokset ja kalastus jokisuulla ja merellä eivät verota arvokasta virtavesiluontoa. Uusia uhkia virtavesiluonnolle ovat ilmastonmuutos ja haitalliset vieraslajit.