Vesivoimalla on paljon kielteisiä vaikutuksia luontoon ja ympäristöön. Vaikutuksia tulisi vähentää lievennyshierarkian mukaisesti:
1. Haittojen välttäminen. Luontohaitat vältetään kokonaan. Esimerkiksi arvokkaiden vesistönosien suojelu voimalarakentamiselta on haitan välttämistä. Yksittäisen toimija voi tehdä päätöksen olla sijoittamatta voimalaa kohteeseen, jossa on uhanalaisia luontotyyppejä tai lajeja.
2. Haittojen minimointi. Voimalan rakentamisen ja käytön aikana luonto huomioidaan mahdollisimman hyvin ennen kuin vahinkoa syntyy. Vesivoimalaitos voi minimoida haittoja esimerkiksi huolehtimalla kalankulusta ja turvaamalla jatkuva virtaama.
3. Ennallistaminen haitta-alueella. Jo syntynyttä vahinkoa korjataan vesivoimalan vaikutusalueella. Esimerkiksi virtapaikkojen kunnostus tai keinollisten habitaattien luominen menetettyjen tilalle on ennallistamista.
4. Haittojen hyvittäminen muualla. Jo syntynyttä tai aiheutuvaa haittaa tai vahinkoa hyvitetään muualla kuin vesivoimalan vaikutusalueella.